Вправе ли организация вести журнал полученных счетов-фактур в электронном виде?

нет, покупатели должны вести журнал учета полученных от продавцов оригиналов счетов-фактур, в котором они хранятся, а продавцы ведут журнал учета выставленных покупателям счетов-фактур, в которых хранятся их вторые экземпляры (п. 1 Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 N 914). Правилами не установлен иной порядок документооборота в электронном виде, а именно ведение в электронном виде журнала полученных счетов-фактур